અલીગઢ મુસ્લીમ યુનિવર્સિટી લઘુમતી સંસ્થા છે કે નહીં? આ અંગે પોતાનો ચુકાદો આપતી વખતે, સુપ્રીમ કોર્ટની સાત સભ્યોની બંધારણીય બેંચે ૧૯૬૭ના એસ અઝીઝ બાશા – યુનિયન ઓફ ઇન્ડિયા કેસના નિર્ણયને ૪ઃ૩ની બહુમતીથી રદ કરી દીધો છે. તે નિર્ણયમાં કહેવામાં આવ્યું હતું કે એએમયુ લઘુમતી સંસ્થા નથી. એટલે કે સુપ્રીમ કોર્ટના નવા નિર્ણયથી એએમયુ માટે લઘુમતી સંસ્થાનો દરજ્જા મેળવવાનો રસ્તો સાફ થઈ ગયો છે.
૧૯૬૭માં સુપ્રીમ કોર્ટની પાંચ સભ્યોની બેન્ચે પોતાનો ચુકાદો આપતાં કહ્યું હતું કે એએમયુની રચના ૧૯૨૦ના અલીગઢ મુસ્લીમ યુનિવર્સિટી એક્ટ હેઠળ કરવામાં આવી હતી. કોર્ટના મતે, આનો અર્થ એ છે કે એએમયુને લઘુમતી સંસ્થાનો દરજ્જા આપી શકાય નહીં કારણ કે તે મુસ્લીમ સમુદાય દ્વારા બનાવવામાં આવી નથી અને ન તો તે સમુદાયના લોકો દ્વારા ચલાવવામાં આવે છે. બંધારણના અનુચ્છેદ ૩૦(૧)ને ટાંકીને સુપ્રીમ કોર્ટે કહ્યું કે લઘુમતી શૈક્ષણિક સંસ્થા માટે તે ફરજિયાત છે કે તે એક જ સમુદાયના લોકો દ્વારા રચવામાં આવે અને તે જ લોકો દ્વારા ચલાવવામાં આવે.
જો એએમયુને લઘુમતી પાત્રનો દરજ્જા મળે તો યુનિવર્સિટીમાં મુસ્લીમ વિદ્યાર્થીઓ માટે ૫૦ ટકા અનામતનો માર્ગ મોકળો થઈ જશે. હાલમાં આવી કોઈ અનામત નીતિને અનુસરતું નથી. જોકે તેમાં આંતરિક આરક્ષણ વ્યવસ્થા છે. આ હેઠળ, યુનિવર્સિટીની ૫૦ ટકા બેઠકો એએમયુ સાથે સંલગ્ન શાળાઓ/કોલેજામાંથી અભ્યાસ કરતા વિદ્યાર્થીઓ માટે આરક્ષિત છે.
સરકારે ૧૯૮૧માં ૧૯૨૦ના કાયદામાં સુધારો કર્યો અને કહ્યું કે આ યુનિવર્સિટીની રચના ભારતીય મુસ્લીમોએ કરી હતી. તે પછી, ૨૦૦૫ માં, યુનિવર્સિટીએ પોસ્ટ ગ્રેજ્યુએટ મેડિકલ અભ્યાસક્રમો માટે ૫૦ ટકા બેઠકો આરક્ષિત કરી. આ આરક્ષણ અને ૧૯૮૧ના અધિનિયમમાં થયેલા સુધારાને ૨૦૦૬માં અલ્હાબાદ હાઈકોર્ટે ફગાવી દીધા હતા. જે બાદ તેને સુપ્રીમ કોર્ટમાં પડકારવામાં આવ્યો હતો, જેના પર આજે ચુકાદો આપતાં સુપ્રીમ કોર્ટે ૧૯૬૭ના નિર્ણયને પલટી નાખ્યો હતો.